L'any 2006 es va iniciar el compromís d'integració de valors ambientals a l'estructura del Consorci de la Zona Franca. En aquest sentit s'ha construït un sistema de gestió ambiental per a les activitats que es desenvolupen a les oficines centrals, al parc mòbil de vehicles i a les zones comunes del Polígon Industrial de la Zona Franca, que representen un terç de la superfície total del polígon.

El sistema de gestió ambiental del Consorci de la Zona Franca de Barcelona s'ha desenvolupat a partir dels requeriments especificats al reglament EMAS i la norma UNE-EN ISO 14001: 2004: Sistemes de gestió ambiental. Fruit d'aquesta feina s'ha obtingut la ISO-14.001  l'any 2007 i el certificat EMAS el 2008.